知识产权海关保护，是指海关依照国家有关法律规定，在边境执法中保护与进出境货物有关并受中华人民共和国法律行政法规保护的知识产权，包括商标专用权、著作权和专利权。办理知识产权海关备案的程序，包括申请、审查、发证三部分。
　　（一）商标注册人或者代理人就注册商标专用权申请海关保护备案的，应当向海关总署提交书面申请。
申请书应当包括下列内容：
1．申请人名称或者姓名、注册地或者国籍、住所、法定代表人、主要营业场所等；
2．商标注册证的号码、内容及有效期限；
3．注册商标核准使用的商品名称及其产地；
4．注册商标被许可使用人；
5．注册商标商品的主要进出境海关、进出口商、商品主要特征及正常价格等情况；
6．已知的侵权商品的制造商、进出口商、主要进出境海关、商品主要特征及价格等情况； 7．海关总署认为应当说明的其他情况。
提交书面申请时应当附送下列文件：
1．申请人身份证件的复制件或者企业登记注册营业执照的副本或者经登记注册机关认证的复制件；
2．经工商行政管理部门确认的商标注册证书复制件、商标局核准转让注册商标的证明或者备案的商标使用许可合同复制件；
3．海关总署认为需要附送的其他文件。
　　（二）已备案的商标注册人或者代理人就注册商标专用权申请海关采取保护措施的，应当向侵权商品进出境地海关提交书面申请。
申请书应当包括下列内容：
1．申请保护的注册商标及其使用的商品名称、海关备案号；
2．侵权嫌疑人名称、住所、法定代表人、主要营业场所；
3．侵权嫌疑商品名称、规格等有关情况；
4．侵权嫌疑商品可能进出境的口岸、时间、运输工具、收货人或者发货人等有关情况；
5．有关侵权的证据；
6．请求海关采取的措施；
7．海关认为需要提供的其他内容。
申请人请求海关扣留侵权嫌疑商品的，应当向海关提交与进口货物到岸价格或者出口货物离岸价格等值的担保金。